我省境内水系发达，有松花江、黑龙江、乌苏里江、绥芬河四大水系，流域面积在50平方公里以上的河流有1918条，其中流域面积超过1万平方公里的河流有18条。全省江河水质较好，但受到不同程度的污染。
　　我省水资源主要来自降水。据最新的水资源评价成果，全省多年平均地表水资源量为686亿立方米，地下水资源量为287亿立方米，扣除两者之间的重复计算量163亿立方米，多年平均水资源总量为810亿立方米。到2005年统计，全省人均占有水资源量为2120立方米，耕地亩均占有水资源量460立方米，均低于全国平均水平（全国人均占有水资源量2200立方米，亩均占有水资源量1430立方米）。全省总用水量271.6亿立方米，其中农业用水192.1亿立方米，工业用水55.5亿立方米，生活用水20.3亿立方米，生态用水3.7亿立方米。全省人均用水量713立方米（全国平均为432立方米），排在全国第26位；万元GDP用水量486立方米（全国平均为304立方米），排在全国第20位；万元工业增加值用水量206立方米（全国平均为169立方米），排在全国第17位；农田实灌亩均用水量595立方米（全国平均为448立方米），排在全国第22位。
　　我省属于典型的季风性气候，春季干旱多风，夏季降水集中，秋季晴冷温差大，冬季严寒而漫长。从时间上看，降水量年内分配相对集中，6～9月的降水量占全年降水量的70～80％，易发生洪涝灾害； 4～5月份的降水量很少，只占全年降水量的5～15%，易发生春旱。从区域分布上看，山丘区水资源量占总水资源量的74.5%，其耕地面积只占全省的20%；平原区水资源量仅占总量的25.5%，其耕地面积却占全省的80%。重点产粮区的松嫩平原耕地面积占全省的37%，其水量仅占全省的5.7%；大、小兴安岭耕地面积只占全省的13.1%，其水量却占全省的58.2%。
　　降水时空分配严重不均，导致我省水旱灾害频繁发生。在年内经常是先春旱、后秋涝，在多年间又有连续旱、连续涝、旱涝交替的周期性，在地区上则呈现西旱东涝的区域性特点。据统计，在1949～1998年的50年中，我省遭受洪涝灾害的年份占19年，遭受干旱灾害的年份占18年，平均4年中就有3年属于水旱灾害年份。